中心实行理事会领导下的主任负责制。中心主任的职责是负责中心的日常运行和资产管理，批准中心骨干研究人员和管理人员的聘任，根据学术委员会提交的骨干研究人员考核评议结论对骨干研究人员岗位职责和薪酬待遇进行调整，代表中心签署各类法律文件，组织实施理事会的决议，组织编写中心年度工作报告。

　　中心主任由潘建伟院士担任。