中国科学技术大学公共实验中心于2000年始建，是由教育部“985”工程和“211”工程专项经费、中国科学院专项经费及学校自筹资金共同投入建设而成。经过十多年的不断发展壮大，目前实验中心已形成了包括理化科学实验中心、生命科学实验中心、工程与材料科学实验中心、信息科学实验中心、超级运算中心在内的五大公共实验分中心。拥有各类大中型仪器装备（十万元以上的）200余台（套），装备总值达2.03亿人民币，同时中心拥有一批业务精湛、技术熟练的专业技术人员。2009年，公共实验中心加入“中国科学院合肥战略能源与物质科学大型仪器区域中心”，成为中科院首批成立的9个大型仪器区域中心之一。公共实验中心已建设成为设备优良、管理先进、公用开放、服务优质的科研、教学公共支撑平台，为协同创新中心的科研任务开展形成重要的基础支撑。